Фамилия Бонахов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается нерусская, скорее всего, тюркская основа. Суффикс -ов указывает на стандартную модель образования русских фамилий (чей? — сын Бонаха), а вот само имя или прозвище Бонах в славянских языках не встречается.

Наиболее вероятное объяснение — происхождение от тюркского мужского имени Бонак (или Бонах в русской передаче). В тюркских языках слово «бонак» имеет несколько значений: «мягкий», «нежный», а в некоторых диалектах — «богатый», «обильный». Имя могло даваться ребёнку как пожелательное: чтобы рос здоровым, в достатке или с мягким характером. Встречается оно у татар, башкир и других народов Поволжья. Фамилии на -ов от подобных имён активно формировались в XVI–XIX веках при переходе тюркского населения в православие или при обрусении, когда к основе добавляли типичный русский патронимический суффикс.

Есть и менее распространённая версия, связывающая Бонахова с топонимом. В некоторых регионах (например, в бывшей Области Войска Донского) существовали хутора или урочища с названием Бонаково. В таком случае фамилия могла образоваться от прозвища переселенца, пришедшего оттуда: «Бонахов» — выходец из Бонакова. Однако эта гипотеза слабее, так как сам топоним, скорее всего, вторичен и тоже восходит к личному имени.

Если отбросить редкие исключения, перед нами типичная русская фамилия тюркского происхождения. Предки носителя фамилии Бонахов, вероятнее всего, были крещёными татарами, башкирами или представителями другого тюркоязычного народа, принявшими православие и закрепившими за собой фамилию по имени родоначальника. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу, хотя сейчас встречается по всей России.