Фамилия Бонев — редкий для России случай, когда славянская основа «бон-» сочетается с типично русским суффиксом притяжательности. Если бы фамилия звучала как Бонов, вопросов бы не возникло: от имени Бон (уменьшительное от Бонифатий, Богдан или даже от польского Бонавентура). Но суффикс -ев указывает на основу, заканчивающуюся на мягкий согласный или «й». В русской ономастике Бонев — почти исключительно болгарская фамилия. В Болгарии она образована от имени Бонё (Боню, Боньо), которое, в свою очередь, восходит к тому же корню, что и русское Бон: сокращение от Бонифатий (латинское «благодетель») или от Богдан/Божидар («богом данный»). Болгарский суффикс -ев работает так же, как русский -ов: «сын Бонё».

В России фамилия Бонев могла появиться двумя путями. Первый — болгарские переселенцы, особенно после Русско-турецкой войны 1877–1878 годов, когда многие болгары переезжали в южные губернии. Второй — единичные случаи, когда русские писаря на слух записывали фамилию Бонов как Бонев, если в говоре предка «о» звучало редуцированно. Но это исключение.

Географически в современной России Боневы встречаются рассеянно, без выраженного гнезда: чаще в Краснодарском крае, Ростовской области, Москве. В Болгарии фамилия распространена в центральных и южных областях.

Словообразовательная модель проста: основа Бон- + суффикс -ев. Ударение в русском языке обычно падает на первый слог: Бо́нев. В болгарском — на последний: Бонѐв.

Родственные фамилии — Бонов, Боньов, Боневский. Все они указывают на одно и то же: предка с именем или прозвищем Бон. Никакой тайны, никакой знати — обычная модель патронимической фамилии, только с нерусским суффиксом.