Фамилия Бонева — женская форма, а её мужской вариант — Бонев. В русском языке она встречается редко и почти всегда указывает на болгарское происхождение. В Болгарии фамилии с окончанием -ев стоят в одном ряду с русскими -ов: они образуются от личных имён, прозвищ или названий профессий. Основа здесь — Бон, сокращённая форма от болгарского имени Бончо или Боню, которые в свою очередь восходят к церковному имени Вонифатий (от латинского «благодетель»). В народе имя переделали на свой лад, отсекли начало, и получилось Бон — удобное, короткое, а от него пошла фамилия Бонев.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не лишённая логики: корень «бон» в южнославянских говорах мог означать «удар», «толчок» или даже «глухой звук». В таком случае прозвище Бон дали человеку с громким голосом или тяжёлой походкой. Однако для славянской ономастики типичнее связывать фамилию с личным именем, а не с нарицательным словом, поэтому версия с Вонифатием считается основной.

В русской среде фамилия Бонева — почти всегда пришлая. Она могла появиться у потомков болгарских переселенцев, которые в XIX–XX веках переезжали в Российскую империю и СССР, или у людей, чьи предки носили болгарскую фамилию по мужской линии. Ударение в ней падает на первый слог — Бо́нева, хотя в болгарском оригинале возможны колебания.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: суффикс -ев присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий или шипящий звук (Бонь → Бонев). Это стандартная патронимическая модель, означающая «сын Бона» или «принадлежащий Бону». В русских фамилиях такой суффикс встречается реже, чем -ов, и часто указывает на южное или западное славянское влияние.

Искать фамилию Бонева в старых российских переписях бесполезно — её там почти нет. Она сосредоточена в Болгарии и среди болгарских диаспор, в России же остаётся редкой и узнаваемой по своему южнославянскому звучанию.