Вероятно, фамилия Бонина образована от имени Боня. Скорее всего, оно является краткой формой популярного еврейского мужского имени Биньямин, которое в переводе означает «любимый сын» (буквально - «сын правой руки»). Также не исключено, что Боня — это форма редкого еврейского имени Бэн-ами - «сын моего народа». Это имя носил сын Лота.