Фамилия Бонина образована от имени Боня. Это краткая, домашняя форма, которая в большинстве случаев восходит к еврейскому мужскому имени Биньямин. В переводе с иврита оно означает «любимый сын», а буквально — «сын правой руки»: правая рука символизировала силу и защиту. Такое имя давали долгожданному или младшему сыну.

Менее распространённая, но не менее интересная версия связывает имя Боня с редким библейским именем Бэн-ами, что значит «сын моего народа». В Книге Бытия так звали одного из сыновей Лота. В пользу этой гипотезы говорит то, что имя Бэн-ами в устной традиции могло сократиться до Боня — так же, как Биньямин до Бони.

По словообразовательной модели фамилия Бонина — это типичный «матроним» или «патроним» на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Бонин, то есть сын или потомок Бони. В русской ономастике такой способ образования фамилий был особенно распространён в северных и центральных губерниях. Если бы основой было полное имя, а не краткая форма, фамилия звучала бы иначе — например, Биньяминов.

Спор между двумя версиями происхождения имени Боня не так уж принципиален для повседневной истории фамилии. В любом случае, её носительницей была женщина (Бонина — женская форма), а её предок по мужской линии носил прозвище или домашнее имя Боня. В какой-то момент это прозвище закрепилось за семьёй как официальная фамилия.

Интересная деталь: фамилия Бонина встречается не только в еврейской среде, но и у русских, украинцев и белорусов. В русском языке слово «боня» в диалектах могло означать «лакомка», «сладкоежка» или просто быть ласковым обращением к ребёнку. Поэтому в ряде случаев фамилия могла возникнуть независимо, от мирского прозвища, не связанного с библейскими корнями. Однако основная, наиболее документированная линия всё же ведёт к имени Биньямин.