Фамилия Бонин — одна из тех, чьё происхождение лежит в еврейской ономастике. Её основу составляет имя Боня, которое, скорее всего, служило краткой формой от популярного еврейского мужского имени Биньямин. В переводе с иврита оно означает «любимый сын», а буквально — «сын правой руки». Эта версия наиболее правдоподобна и связывает фамилию с широко распространённым библейским именем.

Существует и альтернативное, хотя и менее убедительное, объяснение. Согласно ему, Боня могла быть формой редкого еврейского имени Бэн-ами, что переводится как «сын моего народа». В Ветхом Завете это имя носил один из сыновей Лота. Однако эта гипотеза не имеет столь же прочной опоры в массовой именной традиции, как первая.

Обратим внимание на суффикс -ин. В русской и еврейской фамильной модели он указывает на принадлежность: Бонин — «сын Бони», «потомок Бони». Такая модель образования типична для фамилий, возникших на восточнославянской почве, но с иноязычной основой. Интересно, что в данном случае суффикс не обязательно говорит о географическом происхождении — он мог закрепиться в документах при адаптации еврейской фамилии в Российской империи.

Процесс формирования фамилий у еврейского населения был длительным и неоднородным. Массово они стали закрепляться лишь в конце XVIII — XIX веке, после указов о всеобщей паспортизации. Поэтому точно определить время и место возникновения конкретной фамилии Бонин можно только в рамках глубоких генеалогических изысканий, изучая записи в метрических книгах и ревизских сказках. Тем не менее, сама фамилия остаётся памятником европейской письменности и культуры, соединяя в себе древнее библейское имя и более позднюю фамильную форму.