Фамилия Бонко — редкий случай, где географический ключ едва ли не важнее этимологического. Если вы встретили её в России, скорее всего, перед вами украинская или белорусская фамилия, записанная в русской транскрипции. Исходная форма — Бонько, где суффикс -к-о указывает на западнорусское происхождение (характерно для Волыни, Подолья, Гродненщины). Ударение, как правило, падает на первый слог: Бо́нко.

Основа фамилии — личное имя Боня. Это не самостоятельное имя, а народная, уменьшительная форма от канонического Бонифатий (латинское Bonifatius — «благая судьба»). В православных святцах имя встречалось, но было редким, поэтому и фамилия не получила широкого распространения. В польской традиции, где католический культ святого Бонифация сильнее, фамилия Bonko встречается чаще, и оттуда могла перейти в восточнославянскую среду через шляхту или мещан.

Вторая версия, менее вероятная, — прозвище от диалектного «бонкий» (звонкий, громкий) или «бонка» (в некоторых говорах — бочонок, кадушка). Но для прозвищной модели суффикс -к-о не типичен: обычно так оформляли именно уменьшительные формы имён, а не прозвища от нарицательных слов. Поэтому версия с Бонифатием — основная.

Фамилия очень редкая. В современных российских базах данных она почти не встречается, а в украинских и белорусских — единичные записи. Это значит, что носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы, возможно, переселившейся в XX веке. Если ваши предки — Бонко, стоит искать их корни в западных областях Украины или в восточной Польше, где фамилия могла писаться как Bondźko или Bońko.