Фамилия Бонин отсылает к имени Боня, а оно, скорее всего, к библейскому Биньямину. В переводе с иврита Биньямин означает «сын правой руки» или, по другой трактовке, «любимый сын» — так звали младшего сына Иакова. Краткая форма Боня в этом случае звучит естественно: похожий принцип сокращения мы видим в русских именах (Саня от Александр, Ваня от Иван), только здесь он приложился к еврейскому антропониму.

Модель фамилии простая: к основе Боня добавили русский патронимический суффикс -ин, который отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность к отцу или главе семьи. Так Бонин — это «сын Бони», то есть потомок человека по имени Боня. Такое сочетание иноязычного корня со славянским суффиксом — не редкость в восточноевропейских фамилиях, особенно в регионах, где веками жили рядом разные народы.

Есть и другая, менее распространённая версия: имя Боня могло восходить к редкому еврейскому имени Бэн-ами («сын моего народа»). В Танахе это имя носил сын Лота, рождённый от старшей дочери. Но популярность Биньямина в еврейской традиции делает первую версию более вероятной для массового бытования фамилии.

Фамилия Бонин встречается не только у еврейских семей. В русской среде она могла возникнуть и независимо — от прозвища Боня, которое давали человеку с большим или выпуклым носом (от диалектного «боня» — нос, шишка). Однако в этом случае фамилия осталась бы локальной и редкой, тогда как реальная география Бониных показывает их концентрацию в черте оседлости и в западных губерниях Российской империи, что косвенно подтверждает связь с еврейской традицией имянаречения.

В любом случае, фамилия Бонин — это пример того, как короткое домашнее имя (гипокористика) превратилось в официальную родовую метку, и сегодня она объединяет потомков людей с разной историей, но с общим корнем в основе.