Фамилия Бонюк — редкий пример, где форма на -юк, типичная для западных регионов, скрывает за собой не польское или белорусское, а, скорее всего, украинское происхождение. Суффикс -юк в украинской ономастике — один из самых распространённых патронимических показателей, он отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын» или «потомок». Так что в основе Бонюк лежит личное имя или прозвище Бонь, Боня.

Сам корень Бонь- неоднозначен. Самая прямая версия — от крестильного имени Бонифатий, которое в народной речи сократили до Боня. Бонифатий (от лат. «благая судьба») — имя редкое, но в православных святцах оно есть, и в украинской среде его могли переделать на свой лад, отбросив сложное окончание. Менее вероятно, но возможно, что Бонь — это производное от имени Богдан (через форму Бонько) или от прозвища, данного человеку с мягким, «бонным» (добрым) нравом, если вспомнить южнорусское диалектное слово «бонный» — хороший, ладный.

Географически фамилия Бонюк тяготеет к Волыни, Подолью и Западной Украине. Это типичная крестьянская фамилия, которая фиксировала родовую принадлежность: предок нынешнего Бонюка был сыном некоего Бони. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века такую фамилию могли записать как Бонюк, реже — Бонюк-Бонь. Поскольку суффикс -юк не встречается в русской великорусской традиции, фамилия однозначно указывает на украинские корни носителя, а не на польские или белорусские, где чаще использовали бы -ик или -ук.

Сословно Бонюки, скорее всего, были крестьянами или казаками. В дворянских гербовниках фамилия не зафиксирована, да и известных исторических личностей с такой фамилией нет — это «тихая» фамилия, которая веками передавалась в одном регионе, не попадая в столичные переписи. Единственное, что может сбить с толку, — это ударение: в украинском языке оно чаще падает на последний слог (Боню́к), но в русской среде нередко смещается на первый (Бо́нюк). Оба варианта допустимы, но исходный — с ударением на -юк.