Фамилия Боненко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -енко. На востоке Украины этот суффикс стал главным фамильным показателем, означая «сын» или «потомок». Боненко — это буквально «сын Бони», где Боня — разговорная или детская форма какого-либо крестильного имени.

Корень здесь, скорее всего, восходит к имени Бонифатий. В народной среде это редкое латинское имя (означающее «благодетель») переделали в привычное Боня, Бонька. От него и пошла фамилия. Вторая возможная, но менее вероятная версия — происхождение от прозвища Боня, связанного с глаголом «бонить» (в некоторых говорах — «говорить вздор, пустословить»). Однако для украинской ономастики типичнее именно модель от имени.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Боненко — это, скорее всего, потомки казаков или крестьян Левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина). Суффикс -енко в XVI–XVII веках закрепился сначала в казацкой среде, а затем распространился повсеместно, вытеснив другие модели.

Интересная деталь: в русских переписных книгах XVII–XVIII веков эта фамилия могла записываться с искажениями — Боненков или Бонинко, так как московские писцы не всегда понимали украинскую словообразовательную систему и «русифицировали» окончание. Поэтому, если ваши предки фигурируют в документах как Боненков, это тот же род.

Фамилия редкая, не «топонимическая» (не от названия места), а сугубо патронимическая — по отцу или деду, которого в быту звали Боней. Она не указывает на занятие или сословие, но чётко говорит о регионе происхождения и о том, что предок был человеком, чьё имя сократили до домашнего, ласкового варианта.