Фамилия Бонюшко звучит на слух скорее как украинская или белорусская, и это первое, что бросается в глаза. Её выдает суффикс -к-о, типичный для западнорусских земель: в украинском и белорусском языке он образует уменьшительные или ласкательные формы имен и прозвищ. Если бы фамилия была великорусской, мы бы ожидали окончание -ов или -ин, но здесь перед нами типичная модель прозвища, которое «застыло» в родовом имени.

В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Боня. Оно, в свою очередь, — сокращение от канонического имени Бонифатий (латинское Bonifatius, от bonus — «добрый» и fatum — «судьба»). В просторечии Бонифатий нередко превращался в Боню, Боньку, а в польской и белорусской традиции — в Бонека или Бонюша. Суффикс -юшк-о добавляет уменьшительно-ласкательный оттенок: Бонюшко — это буквально «маленький Боня» или «сын Бони». Такая модель образования фамилий (прозвище + патронимический суффикс) широко распространена на территории современной Украины, особенно на Волыни и в Подолье.

Есть и менее очевидная версия, которую стоит упомянуть, хотя она слабее. В некоторых говорах «боня» могло означать нечто вроде «замарашка» или неопрятный человек — от диалектного глагола «бондеть» (ныть, капризничать) или «бонкать» (стучать, бренчать). Однако эта гипотеза не подкреплена серьёзными ономастическими источниками, и основная масса носителей фамилии Бонюшко, скорее всего, ведет род от человека по имени Боня (Бонифатий).

Географически фамилия редкая. В современных базах данных она встречается в основном в западных областях Украины (Львовская, Тернопольская, Ровенская) и среди потомков эмигрантов в Польше. В России её носители единичны, что подтверждает её локальное происхождение. Сословно предки Бонюшко, вероятнее всего, были крестьянами или мещанами — фамилии на -ко редко встречаются у дворянства, которое предпочитало модели на -ский или -ович.

Таким образом, Бонюшко — это типичная западнорусская фамилия, образованная от уменьшительной формы имени Бонифатий. Она не имеет отношения к каким-либо ремёслам или географическим названиям, а прямо указывает на имя родоначальника. Если вы носите эту фамилию, ваши предки, скорее всего, происходят из украинского или белорусского села, где жил человек по прозвищу Боня, а его дети стали зваться Бонюшками.