Фамилия Бонишко — редкий пример того, как польско-белорусское словообразовательное гнездо прижилось на восточнославянской почве. В основе лежит имя Бонифаций (от латинского «благодетель»), которое в народной речи сократили до Бонись, Боня или Бониш. Суффикс -к-о — типичный для западнорусских земель уменьшительный формант, который часто прикреплялся к прозвищам и именам, указывая на потомка или младшего члена семьи. Так Бонишко — это буквально «маленький Бониш» или «сын Бониша».

География фамилии указывает на Гродненскую, Минскую и Витебскую губернии, а также на приграничные районы современной Польши и Литвы. В XIX веке носители фамилии фиксировались преимущественно среди крестьян и однодворцев — потомков мелкой шляхты, которая не подтвердила дворянство. Это объясняет, почему фамилия не получила широкого распространения: она осталась локальной, в отличие от массовых фамилий на -ов или -ин.

Словообразовательная модель Бонишко интересна тем, что суффикс -к-о здесь не просто уменьшительный, а патронимический — по аналогии с украинскими и белорусскими фамилиями типа Шевченко или Тимошенко. Однако в отличие от них, основа Бониш- восходит не к профессии или прозвищу, а к календарному имени. В православных святцах Бонифаций встречается редко, поэтому носители фамилии могли быть католиками либо униатами — это косвенно подтверждает западнорусское происхождение.

Встречаются варианты написания: Бонисько, Бонешко, Бонишков. Последний — результат русификации, когда фамилию на -ко переделали под привычную модель на -ов. Но исходная форма Бонишко сохранилась лучше, так как в белорусском языке ударение на предпоследний слог (Бони́шко) не резало слух. В русском же языке фамилию часто произносят с ударением на первый слог — Бо́нишко, что смещает акцент с патронимического значения на чисто прозвищное.

Если искать параллели, то фамилия Бонишко стоит в одном ряду с Бониславским, Боницким и Бонько. Но в отличие от них, она не получила дворянского герба и не попала в родословные книги. Это «народная» фамилия, которая сохранила в себе разговорную форму имени, не тронутую канцелярской унификацией.