Фамилия Бообеков — редкий случай в русском ономастиконе: она пришла не из славянского прозвища или имени, а из тюркского именника. Её основа — мужское имя Бообек, которое состоит из двух частей: «боо» (в тюркских языках может означать «связанный», «пучок», а в переносном смысле — «крепкий», «цельный») и «бек» (титул, означающий «господин», «князь», «правитель»). Таким образом, имя Бообек можно перевести как «крепкий господин» или «цельный правитель» — пожелание силы и власти.

Фамилия образована по классической русской модели: к основе добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Бообеков). В русской традиции так оформляли фамилии от иноязычных имён, особенно в XIX–XX веках, когда нерусские народы империи получали паспорта и их отчества или родовые имена «русифицировали» добавлением суффикса.

Географически фамилия Бообеков почти наверняка связана с Кыргызстаном или южными районами Казахстана, где имя Бообек встречается у киргизов и некоторых тюркских народов. В русских метрических книгах или переписях такая фамилия практически не встречается — это показатель её позднего вхождения в русскоязычную среду, скорее всего, в советское время, когда фиксация фамилий стала обязательной для всех граждан.

Интересная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий на -ов (например, Ахметов, Ибрагимов), у Бообекова нет широко распространённого аналога с другим суффиксом (вроде -ев или -ин). Это говорит о том, что имя Бообек не было столь популярным, чтобы породить множество вариаций. Носители фамилии — люди, чей предок носил это редкое имя, и оно закрепилось за родом именно в такой форме, без переделки в более привычное «Бообеков» — хотя других вариантов и не могло быть, так как основа оканчивается на твёрдый согласный.