Фамилия Боберков образована от прозвища Боберко, а оно, в свою очередь, — от названия животного «бобр». В русских говорах слово «бобер» (или «бобр») могло обозначать не только самого зверя, но и человека с густыми, темными волосами или бородой, либо же медлительного, хозяйственного, «запасливого» человека — по аналогии с повадками бобра. Суффикс -ко в основе Боберко типичен для украинских и белорусских фамильных прозвищ, он придавал слову ласкательный или уменьшительный оттенок. Таким образом, Боберко — это не просто «бобр», а скорее «бобрик», «бобренок» или человек, которого сравнивали с бобром. Фамилия Боберков — это русская форма, возникшая при переносе прозвища: к основе Боберк- добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, означающий «сын Боберка» или «из семьи Боберка».

Интересная деталь: в отличие от массовой фамилии Бобров, которая образована напрямую от слова «бобр» без промежуточного уменьшительного суффикса, Боберков встречается заметно реже. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, происходил из западнорусских земель или с территории современной Беларуси, где прозвища с суффиксом -ко были распространены повсеместно. Позже, при переселении или переписи, прозвище «обрусело» и получило окончание -ов. Географически фамилия не привязана к какому-то одному региону, но чаще встречается в центральных областях России, куда в XVII–XVIII веках мигрировали крестьяне и ремесленники с запада.

Есть и другая, менее вероятная версия: происхождение от нецерковного имени Боберко, которое давали ребенку как оберег от злых сил. В древности верили, что имя «зверя» или «хищника» передаст его качества или, наоборот, обманет нечисть, сделав ребенка незаметным. Однако в случае с Боберков такая версия слаба: имя Боберко в исторических документах почти не зафиксировано, а вот прозвища по животным встречаются повсеместно. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская — дворянские роды с такой фамилией неизвестны.