Фамилия Боргуленко образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок» (Боргуленко — сын Боргуля). Сама основа, прозвище Боргуль, скорее всего, связана с украинским глаголом «боргувати» — «давать в долг». В таком случае Боргуль — это кредитор, зажиточный человек, который давал деньги или имущество взаймы. Прозвище указывало на социальное положение и материальное состояние основателя рода.

У глагола «боргувати» есть и переносное значение — «быть виновным». Если принять эту версию, прозвище Боргуль мог получить человек, связанный с судом или вызывающий у окружающих подозрение. Обе трактовки правдоподобны, но первая (кредитор) встречается в украинской ономастике чаще.

Менее убедительна версия, связывающая прозвище с морским термином «борг» — железной цепью, на которой висят нижние реи. Якобы Боргулем называли матроса, отвечающего за эту снасть. Однако украинское происхождение фамилии и отсутствие устойчивой морской традиции в фамилиях на -енко делают эту гипотезу слабой. Скорее всего, перед нами пример народной этимологии, когда созвучное слово подтягивают под незнакомое прозвище.

Фамилия Боргуленко закрепилась в официальных документах, вытеснив исходное прозвище Боргуль. Это типичная история для украинских фамилий: прозвище отца становилось наследственным именем для его детей, а суффикс -енко указывал на родство. Встречается фамилия преимущественно в центральных и восточных областях Украины, что подтверждает её связь с украинской лексикой, а не с морскими терминами.