Фамилия Борнелинер — один из тех редких случаев, когда носитель почти наверняка может определить, откуда родом его предки, даже не заглядывая в архивы. Она явно не русская по происхождению и не славянская. Её основа и суффикс указывают на немецкую или австрийскую модель образования фамилий.

Корень «Борне» (Borne) в немецком языке означает «источник», «родник» или «колодец». Второй элемент — «-линер» — скорее всего, является вариантом суффикса принадлежности, указывающего на жителя определённого места. Получается, что Борнелинер — это человек из Борнеля или Борнена, то есть из поселения, названного в честь родника или источника. Самая вероятная географическая привязка — Германия или Австрия, где существует несколько топонимов с корнем Born, например, город Борна в Саксонии или деревня Борн в Шлезвиг-Гольштейне.

По способу образования фамилия относится к так называемым «именам по месту жительства» (Herkunftsname). Такие фамилии давали не самому человеку, а его потомкам, когда он переезжал в другой город. Например, крестьянин Иоганн из Борнеля, перебравшись в Мюнхен, получал прозвище «Борнелинер», которое затем закреплялось за его детьми как фамилия. Суффикс «-er» в немецких фамилиях — один из самых распространённых маркеров такого происхождения.

В России фамилия Борнелинер встречается крайне редко, в основном в среде потомков немецких колонистов, приглашённых Екатериной II в XVIII-XIX веках. Скорее всего, предки носителя этой фамилии были выходцами из южной Германии или Австрии, которые осели в Поволжье, на юге Украины или в Причерноморье. В отличие от многих искусственных фамилий, которые давали священники, Борнелинер — это чисто бытовая, «народная» фамилия, возникшая естественным путём из прозвища по месту выхода.