Фамилия Боруткина — женская форма, мужской вариант — Боруткин. В её основе, скорее всего, лежит прозвище или нецерковное имя Борутка. Чтобы понять его значение, нужно обратить внимание на корень «бор-», который в русских говорах многозначен.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «борутькать» или «боруткать» — так в некоторых областях (например, в псковских и тверских говорах) называли ворчать, брюзжать, бормотать себе под нос. Соответственно, Боруткой могли прозвать неразговорчивого, вечно недовольного или, наоборот, тихо бормочущего человека. Модель образования проста: к основе «борут-» добавился уменьшительно-ласкательный (или пренебрежительный) суффикс «-к-», типичный для русских прозвищ, а затем фамильный суффикс «-ин», указывающий на принадлежность («чей?» — сын Борутки).

Вторая, менее распространённая версия, отталкивается от слова «боруть» — так в некоторых говорах называли борть, то есть дупло для диких пчёл, или сам процесс бортничества. В этом случае Борутка — это бортник, лесной пчеловод. Однако эта версия слабее: слово «боруть» встречается редко и не дало устойчивых прозвищ, в отличие от глагольной формы.

Фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и северо-западных областях России, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение. В написании возможны варианты через «а» (Баруткин) из-за акающего произношения, но форма с «о» считается исторически исходной. В дореволюционных переписях носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — суффикс «-ин» и прозвищная основа характерны для непривилегированных сословий.