Фамилия Бошнякова — женская форма фамилии Бошняков. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, а точнее — его основу. В русских фамилиях суффикс -ов/-ев чаще всего указывает на происхождение от личного имени или прозвища отца. В основе лежит слово «бошняк» или «башняк».

Самая вероятная версия — прозвище Бошняк связано со словом «башня» (в старых говорах — «бошня»). Так могли прозвать человека, который жил в башне (например, сторожа или стрельца на крепостной башне), либо того, кто строил башни. Но есть и другая, более конкретная гипотеза. В некоторых русских говорах «бошняк» — это не просто башня, а колодец-журавль, то есть сооружение для подъема воды. Прозвище могло закрепиться за колодезным мастером или за крестьянином, у которого такой колодец стоял на дворе — редкая и ценная в засушливых местах деталь быта.

Менее правдоподобна, но всё же встречается в ономастике, версия о связи с географическим названием Бошня (село или река). Если предки происходили из такой местности, фамилия могла образоваться по модели «выходец из Бошни» — Бошняк. Но документальных подтверждений широкого бытования такого топонима в центральной России нет.

Словообразовательная модель проста: прозвище Бошняк + фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Бошняков). Женская форма Бошнякова — притяжательное прилагательное по отцу или мужу. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или посадская, так как образована от бытового прозвища, а не от имени святого или боярского рода.

Географически фамилия Бошняков встречается рассеянно, без явного гнезда, но чаще — в северных и центральных областях России, где колодцы-журавли были обычным делом. Встречаются варианты написания с одной «н» (Бошяков), но это уже результат ошибок в документах или упрощения.