Фамилия Ботбаева — тюркского происхождения, и её разбор даёт сразу две возможные картины жизни предков. Первая часть, «бот» или «бота», в тюркских языках означает «верблюжонок». Но вряд ли человека в быту называли просто детёнышем верблюда — скорее, это было ласковое прозвище: так могли сказать о ком-то с красивыми большими чёрными глазами, сравнив их с глазами верблюжонка.

Вторая часть — «бай», что в переводе с тюркского значит «богатый хозяин, господин, могущественный человек». Соединение этих двух слов могло работать по-разному. По одной версии, ребёнок получил имя Бота за выразительные глаза, а «бай» добавили, чтобы указать: он сын богатого и влиятельного отца, то есть «Бота-бай» — «Бота, сын бая». По другой, более прозаичной, прозвище «Ботбай» давали человеку, который владел огромными стадами верблюдов — буквально «верблюжий господин».

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев (Ботбай + ев), что типично для фамилий, которые фиксировались в документах начиная с XIX века у тюркских народов, вошедших в состав Российской империи. Женская форма Ботбаева указывает на принадлежность к роду, основателем которого был мужчина по имени или прозвищу Ботбай.

Точное место и время возникновения фамилии без генеалогических изысканий назвать сложно — процесс оформления фамилий у разных народов шёл неравномерно. Но сама модель подсказывает, что предки носителей фамилии жили в скотоводческой среде, где верблюды были мерой богатства, а внешность человека могла стать его именем на всю жизнь.