Фамилия Ботбаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Ботбаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Ботбаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Ботбаев имеет сложную структуру и состоит из двух частей. Первая из них восходит к тюркскому слову «бот» (фонетический вариант – «бота»), которое переводится как «верблюжонок». В переносном смысле это слово употреблялось в качестве ласкового прозвища человека с красивыми большими черными глазами. Второй компонент фамилии – «бай» - переводится на русский язык как «богатый хозяин, могущественный человек, господин». По одной из версий, основатель рода Ботбаевых при рождении получил за свои выразительные глаза имя Бота, в компонент «бай» прибавился с целью указать на то, что мальчик является сыном богатого бая. Однако не исключено, что эти два слова использовались в качестве прозвища того, кто обладал очень большими стадами верблюдов. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Ботбаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Ботбаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.