Фамилия Ботченко — типичный пример украинской модели образования фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках распространилась на Левобережной и Слободской Украине, а позже закрепилась и в южнорусских областях. Суффикс -енко изначально означал «маленький», «сын» или «потомок», поэтому Ботченко — это буквально «сын Ботчи» или «маленький Ботча». В основе фамилии лежит прозвище Ботча, а вот его происхождение — предмет нескольких версий.

Первая и самая прямая версия связывает прозвище с нарицательным «бот» — одномачтовое плоскодонное судно для перевозки грузов. В этом случае Ботча мог быть судостроителем, лодочником или хозяином такого судна. Учитывая, что многие украинские фамилии фиксируют ремесло или занятие предка, эта версия выглядит убедительно: речное судоходство на Днепре и его притоках было обычным делом.

Вторая версия отталкивается от слова «боты» — высокие калоши или ботинки. Тогда Ботча — сапожник или торговец обувью. Это тоже «профессиональное» прозвище, хотя менее распространённое, чем «водная» версия.

Третья, более сложная гипотеза, выводит прозвище от «ботало» — шеста с дощечкой, которым загоняют рыбу в сети, или деревянного колокольчика на шее скота. В таком случае Ботча — либо рыбак, либо пастух. Слово «ботало» в русских говорах действительно имело оба значения, но связь с «ботом» (судном) кажется более прямой и естественной для прозвища.

В любом случае, Ботча — это нецерковное прозвище, которое на Украине и в южной России часто становилось основой для фамилий. Сначала оно закрепилось как наследственное именование, а затем трансформировалось в Ботченко. Фамилия недвусмысленно указывает на конкретное занятие предка — независимо от того, был ли он судовладельцем, сапожником или пастухом. Другие однокоренные фамилии — Ботко, Ботюк, Ботенко — подтверждают, что основа «бот» активно использовалась в прозвищной традиции.