Фамилия Ботченкова — женская форма фамилии Ботченков, и её стоит разбирать через мужской вариант, как это принято в русской ономастике. Ботченков — типичная патронимическая фамилия, образованная с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «сын Ботченка». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Ботченко, а оно, в свою очередь, восходит к слову «ботва» или «ботва́» — то есть зелень корнеплодов, листья свёклы, моркови, репы.

Вероятнее всего, прозвище Ботченко дали человеку, который имел отношение к огороду, выращивал овощи или торговал ботвой. В русских говорах «ботва» могла означать и нечто навязчивое, докучливое — так могли прозвать надоедливого человека. Но первая версия, хозяйственная, выглядит убедительнее: в крестьянской среде прозвища по роду занятий были обычным делом. Уменьшительный суффикс -енк- (в форме Ботченко) характерен для украинских и южнорусских говоров, где он придавал прозвищу оттенок «малый, молодой» или просто был ласкательным.

Географически фамилия Ботченков встречается преимущественно в областях, граничащих с Украиной: Курской, Белгородской, Воронежской, а также в Ростовской области. Это подтверждает южнорусское происхождение — в тех краях суффикс -енко долгое время был активным в фамилиях, даже после перехода на великорусское окончание -ов. Любопытно, что однокоренная фамилия Ботвинов (от «ботвинья» — холодное блюдо из ботвы) встречается реже и в других регионах, а Ботченков сохранил именно овощеводческий след.

Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении Ботченковых нет — это фамилия крестьянская или мещанская, и это нормально. В дореволюционных метрических книгах по южным губерниям она фиксируется как довольно редкая, что говорит о локальном бытовании. Сегодня носительницы фамилии Ботченкова могут смело связывать свою родословную с огородниками или мелкими торговцами зеленью из чернозёмной полосы России.