Фамилия Ботаенков — редкий пример, где ударение, скорее всего, падает на второй слог: Бота́енков. Такая модель образования — от имени или прозвища с нестандартным суффиксом -енк(ов) — сразу указывает на южное или восточное происхождение, характерное для украинского или донского влияния на русскую ономастику.

В основе фамилии лежит прозвище Ботай или Ботаенко. Глагол «ботать» в русских говорах означает «бить, колотить, стучать» или, в рыболовецком деле, «пугать рыбу боталом — шестом с привязанной воронкой». Отсюда и прозвище Ботай могли дать человеку шумному, резкому в движениях, либо рыбаку, работавшему с боталом. Вторая версия — связь с диалектным «ботало» (язык колокола, болтун): так могли прозвать говорливого или надоедливого человека.

Суффикс -енко, типичный для украинских фамилий (Ботаенко), при адаптации на русской почве оброс типичным великорусским окончанием -ов. Получилась гибридная форма: исходно малороссийское прозвище с украинским суффиксом, но оформленное по русскому патронимическому образцу. Такие фамилии встречаются в пограничных регионах — на Слобожанщине, в Курской, Воронежской и Ростовской областях.

Спорный момент — возможная связь с тюркским корнем «бота» (верблюжонок). Однако для фамилии Ботаенков эта версия слаба: суффикс -енко типичен для славянской, а не тюркской модели, и прозвище от «верблюжонка» вряд ли дали бы в центральной России. Правдоподобнее видеть в основе именно славянский глагол с бытовым значением.

Сословно фамилия не аристократическая. Ботаенковы, скорее всего, происходят из крестьян или казаков — людей, чьи прозвища часто отражали занятия или черты характера, а не знатное происхождение. В архивных записях фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный, нераспространённый характер.