Фамилия Ботаев — одна из тех, у которых нет единого, очевидного корня. Её основа — прозвище Ботай, а вот что оно означало, зависит от того, где жил человек. В разных говорах одно и то же слово «ботать» давало совершенно разные прозвища.

В тамбовских говорах «ботать» — это качать, болтать, колебать. Скорее всего, Ботаем здесь называли человека неуверенного, нерешительного, который как бы «болтается» из стороны в сторону. В новгородских землях прозвище могло получить тот, кто громко топает при ходьбе — от того же глагола, но с другим оттенком.

Самый интересный и, вероятно, самый распространённый вариант связан с рыбной ловлей. В пермских и вятских говорах «ботало» — это шест с дощечкой или деревянным стаканом на конце. Им били по воде, чтобы шумом загонять рыбу со дна в сети. Соответственно, Ботаем могли прозвать рыбака, который пользовался этим приспособлением. Но «ботало» применяли не только рыбаки: пастухи использовали похожий инструмент — деревянную колотушку — чтобы сгонять коров. Поэтому прозвище Ботай могло закрепиться и за пастухом.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ботай добавили притяжательный суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — Ботаев, то есть сын или потомок Ботая). Что примечательно, эта фамилия встречается не только у русских. Она широко распространена у осетин, и там её происхождение, скорее всего, иное — от имени Бота, восходящего к тюркским или иранским корням. Так что у двух разных людей с фамилией Ботаев могут быть совершенно разные предки: у одного — тамбовский крестьянин или вятский рыбак, у другого — кавказский горец.