Фамилия Ботаков — одна из тех, где за простой основой скрывается неожиданное число версий. Самое вероятное объяснение лежит в диалектном слове «ботак» — так в ряде говоров называли человека, который ботает, то есть бьёт боталом (шестом с лопастью или конусом) по воде, загоняя рыбу в невод. Предок-Ботаков был, скорее всего, рыбаком или работником на тоне. Прозвище давали не по занятию в быту, а по конкретному ремеслу: ботать — дело шумное, заметное, и человека легко могли запомнить по этому признаку.

Вторая версия отталкивается от тюркских корней, что для южнорусских и казачьих фамилий (а Ботаковы встречаются в Ростовской области, на Кубани, в Волгоградской) вполне естественно. В тюркских языках «ботак» или «бота» может означать «верблюжонок», а в переносном смысле — «непоседа», «вертлявый» или даже «упрямец». Если предок жил в зоне контакта с тюркским населением, прозвище Бота́к могло прикрепиться к нему за характер. Слово «бота» в значении «верблюжонок» есть в казахском, киргизском и башкирском, и оно легко ложится в модель прозвищ по сходству с животным.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей сын?» — Ботаков, то есть сын Ботака. Фамилия не дворянская и не искусственная, а самая что ни на есть бытовая, из крестьянской или казачьей среды. Интересно, что в некоторых документах XIX века встречается написание «Ботаковъ» с твёрдым знаком, но без двойных «т» — это говорит о том, что основа никогда не переосмыслялась как «ботва» или «ботать» в смысле «много говорить» (хотя в некоторых говорах «ботало» — болтун, и это третья, менее правдоподобная версия).

Географически фамилия тяготеет к югу России. В переписях и метрических книгах Ботаковы встречаются среди государственных крестьян Воронежской губернии и казаков Области Войска Донского. Если ваш предок — Ботаков, скорее всего, он жил по Дону или Нижней Волге, где рыбный промысел кормил целые станицы, а тюркские заимствования в языке были обычным делом.