Фамилия Боташев восходит, вероятно, к нецерковному имени Боташ, которое образовано от казахского слова «бота» - «дитя». Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит прозвище Боташ, происходящее от татарского глагола «ботау» - «обрубать, обрубить (сучья у деревьев)».