Фамилия Ботоев образована от мирского имени Ботой. В переводе с киргизского языка оно означает «верблюжоночек». Верблюд в Киргизии — животное-кормилец и незаменимый помощник в хозяйстве, поэтому слово «верблюжонок» использовали как ласкательное прозвище для человека. Именно это прозвище и легло в основу фамилии.

История происхождения фамилии Ботоев связана с тюркскими народами. Своими корнями она уходит в XV–XVII века, когда носители тюркских языков — выходцы из Золотой Орды, печенеги или половцы — активно взаимодействовали с русским населением. Проникновению таких инонациональных основ в русские фамилии способствовал исторический факт: многие дворяне в России по своему происхождению были нерусскими.

Модель образования фамилии проста: к основе Ботой добавили типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Ботоев). Так фамилия органично вошла в русскую ономастику, сохранив восточное звучание.

Сегодня фамилия Ботоев довольно распространена в юго-восточных регионах России. Известный носитель — министр юстиции республики Бурятия Борис Ботоев. Сведения о восточном происхождении фамилии подтверждаются самим именем родоначальника, что делает её замечательным памятником восточной письменности и культуры.