Фамилия Ботоев происходит от личного имени Ботой. В основе лежит тюркское слово, которое в киргизском языке означает «верблюжоночек». Верблюд в традиционной культуре Киргизии — животное-кормилец и незаменимый помощник, поэтому именование «верблюжонок» использовалось как ласкательное прозвище. Однако у этого имени есть и другое значение: в некоторых тюркских языках, включая киргизский, «ботой» переводится как «быть смирным, кротким, скромным, послушным». Скорее всего, прозвище Ботой давали человеку с покладистым характером. Не исключено и обрядовое происхождение: родители могли наречь так ребенка, чтобы он рос спокойным и послушным.

Фамилия Ботоев довольно распространена в юго-восточных регионах России, особенно в Бурятии и Иркутской области. В документах начала XX века упоминаются Ботоев Борис Хубаевич (родился в 1900 году в селе Корсаково Кабанского района Бурятии) и Ботоев Владимир Хангурович (родился в 1916 году в Иркутской области). Сегодня эту фамилию носит министр юстиции республики Бурятия Борис Ботоев.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от основ, оканчивающихся на согласный или й. В данном случае он присоединен к имени Ботой, которое в устной речи могло звучать как Бото — отсюда и форма Ботоев, а не, скажем, Ботоев. Такая адаптация характерна для фамилий, возникших в среде, где тюркские имена входили в русскую документную традицию.