Фамилия Ботороев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие гипотезы. Её носители почти поголовно встречаются в Забайкалье и Бурятии, и это сразу указывает на бурятское происхождение. Основа фамилии — мужское имя Боторой, которое в свою очередь восходит к бурятскому «ботор» — «крепкий, сильный, могучий». В монгольских и тюркских языках есть параллели: «баатар» (богатырь), «батыр», так что смысл ясен — имя давали с пожеланием силы и стойкости.

Русский суффикс -ев, а не -ов, тут не случаен. В фамилиях, образованных от основ на мягкий согласный или на -й, по правилам русской грамматики пишется -ев. Имя Боторой (с конечным -й) дало Ботороев, а не Боторов. Это типичная модель для русификации иноязычных имён: бурятское имя получало русский патронимический суффикс и становилось фамилией, которую фиксировали в метриках или переписях.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с русским диалектным словом «ботора» — так в некоторых говорах называли болтуна или пустомелю. Но она разбивается о статистику: подавляющее большинство Ботороевых живёт в Бурятии и Иркутской области, а в центральных регионах России фамилия практически не встречается. Случайное совпадение с русским прозвищем возможно, но маловероятно.

Сословно Ботороевы, скорее всего, были бурятскими казаками или крестьянами-скотоводами. В XIX веке буряты, принявшие православие, получали фамилии по имени отца, и Ботороев — именно такой случай. Сегодня фамилия остаётся локальной: её можно встретить в Улан-Удэ, в сёлах Заиграевского и Хоринского районов, а также среди бурятской диаспоры в Иркутске.