Фамилия Ботукян — армянская, и её разговор стоит начать с суффикса -ян, который в Армении выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев. Он означает «принадлежащий» или «из рода». Ботукян — это «из рода Ботука». Вопрос в том, что такое «Ботук».

Самая вероятная версия — прозвище Ботук, которое легло в основу фамилии. В армянском языке слово «ботук» (բոտուկ) означает «пузатый», «толстобрюхий». Такие прозвища, основанные на внешности, были обычным делом в средневековой Армении, где фамилии только начинали закрепляться. Человек с заметным животом мог получить прозвище Ботук, а его дети и внуки уже стали Ботукянами.

Менее распространённая версия связывает основу с тюркским словом «боту» — «верблюжонок», но в армянской ономастике это объяснение слабее: суффикс -к в армянском скорее уменьшительный или прозвищный, чем заимствованный из тюркских языков напрямую. Если бы фамилия звучала как Ботуян — ещё можно было бы спорить, но форма Ботукян явно указывает на армянское прозвищное слово.

Географически фамилия Ботукян встречается в основном среди армян, происходящих из Западной Армении (исторические области Васпуракан, Ахтамар, а также регион современной Турции). После геноцида 1915 года носители фамилии расселились по диаспоре — в Сирии, Ливане, позже в Армении и России. В современной Армении фамилия редкая, не входит в списки самых распространённых, но встречается в Ереване и областях, куда переселились западные армяне.

С точки зрения словообразования, фамилия Ботукян — типичный пример армянской патронимической модели: основа-прозвище + патронимический суффикс. Никакой дворянской или княжеской истории у неё нет — это фамилия крестьян и ремесленников, что для армянских фамилий на -ян нормально. Социального статуса по ней не определить, но можно уверенно сказать: предок носителя был человеком с приметной внешностью, за что и получил своё прозвище.