Фамилия Ботуев — редкий случай, когда основа слова вызывает больше споров, чем суффикс. Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких согласных и шипящих) указывает на типичную модель русских фамилий: отчество или прозвище, закреплённое за главой семьи. Вопрос упирается в корень «Бот-» и то, что за ним стоит.

Самая прямая и правдоподобная версия — происхождение от прозвища Бот. В русских говорах «бот» или «ботва» — это ботва, зелень корнеплодов, но в переносном смысле слово могло означать «пустой, никчёмный человек» (вспомните «ботва» в значении «ерунда»). Однако есть и другая, более редкая возможность: прозвище могли дать по обуви — «боты» (калоши, тяжёлая обувь). Человек, носивший такую обувь или торговавший ею, мог получить прозвище Бот. В ономастических справочниках фамилия Ботуев не упоминается как широко распространённая, но её логично вписать в ряд с другими «ботаническими» и «обувными» фамилиями вроде Ботов, Ботвин, Ботвиньев.

Менее вероятна, но возможна связь с личным именем Бот (сокращение от Богдан или Борис). В древнерусской традиции уменьшительные имена вроде Ботко, Ботя фиксировались, но от них скорее образовались бы фамилии Боткин или Ботин. Ботуев — форма с суффиксом -у-ев, что может указывать на прозвище Ботун (болтун, пустомеля) или на слово «ботеть» (толстеть, полнеть). В этом случае фамилия могла означать «сын толстяка» или «сын болтуна».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где слово «ботва» было в ходу, а также к северным регионам, где «боты» — распространённая обувь. Встречается она крайне редко, что делает её уникальной: носители Ботуевых, скорее всего, происходят из одной локальной группы, где прозвище закрепилось за родом. Точно сказать, кем были предки (крестьянами, ремесленниками или купцами), без архивных записей нельзя, но основа фамилии указывает на бытовую, незнатную среду.