Фамилия Ботунова — женская форма фамилии Ботунов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Ботун. В основе лежит слово «бот», которое в русских говорах имело несколько значений. Самое вероятное из них — «ботва», то есть зелень, стебли и листья корнеплодов. В этом случае Ботуном могли прозвать человека, который занимался огородничеством, торговал зеленью или, напротив, был худым и долговязым, как ботва.

Менее распространённая, но тоже возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «ботать» — стучать, бить, а также грести веслом. В северных и сибирских говорах «ботало» — это шест с привязанной доской, которым пугают рыбу или гусей. Тогда Ботун — это прозвище шумного, громкоголосого человека или того, кто работал на рыболовном судне. Оба значения укладываются в модель образования русских прозвищ по действию или внешнему признаку.

Суффикс -ов- (в женской форме -ова) указывает на принадлежность: «Ботунова» буквально означала «жена или дочь Ботуна». Такая модель была типична для крестьянской и мещанской среды Центральной России и Севера. Фамилия довольно редкая, и её география тяготеет к северным и волжским регионам, где слово «ботать» и производные от него были в ходу. В словаре Б. Унбегауна однокоренные фамилии (Ботов, Боталов) отнесены к прозвищам из бытовой лексики, без привязки к церковным именам.

Таким образом, предки Ботуновых, скорее всего, были простыми людьми — огородниками, рыбаками или людьми с живым, «ботающим» голосом. Фамилия не имеет дворянского или книжного происхождения, а выросла из повседневной речи и местных говоров.