Фамилия Ботунов — один из тех случаев, когда прозвище предка напрямую связано с его занятием, причём занятием весьма конкретным. В основе лежит слово «ботун». В русских говорах, особенно северных, так называли зелень, листья и стебли корнеплодов — например, ботву моркови или свеклы. Но есть и более узкое значение: в костромских краях ботуном называли переросший, стрельчатый лук, который уже пошёл в стрелку и дал семена.

Отсюда две версии происхождения прозвища, которые не противоречат, а дополняют друг друга. Первая: Ботуном могли прозвать человека, который торговал ботвой или зеленью, то есть был зеленщиком. Вторая, более вероятная: прозвище закрепилось за огородником, специализировавшимся на выращивании лука на продажу. В любом случае, прозвище указывает на род деятельности, а не на внешность или характер.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели — с помощью патронимического суффикса -ов. «Ботунов» буквально означает «сын Ботуна» или «потомок Ботуна». Такая модель в XV–XVII веках была самой распространённой среди крестьян и посадских людей, поэтому социальный контекст здесь ясен: предки носителя фамилии относились к податным сословиям, скорее всего, к крестьянам или ремесленникам, чей быт был тесно связан с огородничеством.

Важно не путать эту фамилию с созвучными «Боталов» или «Ботов». Корень «бот-» здесь не имеет отношения к глаголу «ботать» (стучать, грести) или к слову «бот» (лодка). Речь именно о ботве — «бота» в диалектах означала «стебель», «трава». Словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к группе «профессиональных прозвищ от названий растений и продуктов», что подтверждает нашу версию.

Географически фамилия Ботунов тяготеет к северным и центральным регионам России — к бывшим Костромской, Вологодской, Ярославской губерниям, где слово «ботун» было в ходу. Встречается она и сегодня, но остаётся довольно редкой, что типично для фамилий, образованных от узких диалектных слов.