Фамилия Ботунов образована от прозвища Ботун. Оно ведет свое начало от аналогичного диалектного нарицательного со значением «зелень, ствол и листья всех травянистых растений, особенно корнеплодных». Вероятно, прозвище относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на деятельность основателя фамилии: он мог заниматься выращиванием овощей на продажу или быть зеленщиком. Кроме того, ботуном в костромских говорах называли перегодовалый, а иногда и стрельчатый лук. Соответственно, Ботуном могли именовать того, кто занимался выращиванием лука на продажу. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ботун, со временем получил фамилию Ботунов.