Фамилия Ботенов — редкий случай, когда на первый план выходит не смысл корня, а суффикс. В ней нет привычного -ов, который присоединяют к основам на твёрдый согласный. Здесь мы видим -енов. Такое окончание обычно возникает, если исходное прозвище или имя оканчивалось на -еня: Ботеня. Суффикс -ен- затем наращивался притяжательным -ов, давая форму «чей? — Ботенов», то есть «сын Ботени».

Кем мог быть этот Ботеня? Самая прямая версия — от слова «ботать» или «бот». В русских говорах «ботать» означало «стучать, бить», а «бот» или «ботало» — колотушку, которой рыбаки пугали рыбу, загоняя её в сети. Прозвище Ботеня могли дать шумному, неугомонному человеку, который «ботает» языком, или же рыбаку, работавшему с боталом. В этом случае фамилия Ботенов — потомок прозвища по занятию или характеру.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «ботва» (стебли, листья растений). Ботеней могли назвать того, кто занимался огородом, или, в переносном смысле, человека «вертлявого», похожего на ботву. Однако эта гипотеза слабее, так как слово «ботва» даёт скорее фамилию Ботвин или Ботвенов, а форма на -еня для неё нетипична.

В официальных документах фамилия Ботенов встречается крайне редко. Основной ареал — юг России, в частности Ростовская область и Краснодарский край. Это указывает на то, что фамилия могла сложиться в казачьей или крестьянской среде, где прозвища по ремеслу были особенно распространены. Сословно — почти наверняка крестьянская или мещанская, без дворянских корней, так как в родословных книгах она не фиксируется.

Сравните с однокоренными: Боталов, Боткин, Ботнев. У всех общая основа «бот-», но разные суффиксы показывают, как прозвище обрастало фамильным окончанием в разных регионах. Ботенов — одна из самых редких ветвей этого гнезда.