Фамилия Боткунов — одно из тех прозвищных именований, в которых слышен отзвук древнего занятия или характера. В её основе лежит прозвище Боткун, а ключ к разгадке — в диалектной лексике северо-запада России.

Самая конкретная версия отсылает к рыбацкому промыслу. В псковских говорах словом «ботка» называли шест с конусообразным наконечником. Таким шестом хлопали по воде, чтобы вспугнуть рыбу и загнать её в сети. Человек, который работал с боткой, — боткун — получал прозвище по своему ремеслу. Так что вполне вероятно, что предок носителей этой фамилии был рыбаком или помогал на тоне.

Есть и другая, более широкая версия. Глагол «боткать» в русских говорах означал «стучать, колотить», а также «бить, толкать». Если отталкиваться от этого значения, прозвище Боткун могло закрепиться за человеком по роду занятий — плотником, дровосеком или кузнецом, чья работа связана с постоянным стуком. Но не исключён и бытовой контекст: так могли прозвать вспыльчивого, горячего человека, который «ботает» кулаками или языком.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Боткун, указав на принадлежность — «сын Боткуна» или «из семьи Боткуна». Фамилия редкая, в основном встречается на территориях, исторически связанных с псковскими и новгородскими землями, что косвенно подтверждает диалектную природу корня.