Фамилия Боткунов образована от прозвища Боткун. По одной из версий, оно ведет свое начало от нарицательного «ботка», которое в псковских говорах имело значение «шест с конусообразным наконечником, которым хлопают по воде, чтобы вспугнуть рыбу и загнать ее в сети». Вероятно, прозвище Боткун относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть рыбаком. Согласно другой гипотезе, основой для прозвища Боткун послужил глагол «боткать» - «стучать, колотить», «бить, толкать». В таком случае Боткуном называли либо плотника, дровосека, кузнеца, либо вспыльчивого, горячего человека. Так и прозвище Боткун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Боткунов.