Фамилия Боткин образована от прозвища Ботка. По одной из версий, оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного, которое в псковских говорах имело значение «шест с конусообразным наконечником, которым хлопают по воде, чтобы вспугнуть рыбу и загнать ее в сети». Вероятно, прозвище Ботка относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть рыбаком. Согласно другой гипотезе, прозвище имеет родственную этимологию с глаголом «боткать» - «стучать, колотить», «бить, толкать». В таком случае Боткой называли либо плотника, дровосека, кузнеца, либо вспыльчивого, горячего человека. Так и прозвище Ботка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Боткин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ботка, со временем получил фамилию Боткин.