Фамилия Боткины — один из тех случаев, где за привычным окончанием «-ин» скрывается не простое отчество от крестильного имени, а прозвище, связанное с конкретным ремеслом или манерой поведения. Основа фамилии — прозвище Ботка, которое в старых псковских говорах означало «шест с конусообразным наконечником». Таким шестом хлопали по воде, чтобы вспугнуть рыбу и загнать её в сети. Если принять эту версию, то первый Боткин был рыбаком, причём не просто ловившим на удочку, а промышлявшим артельно, с использованием снасти, требовавшей сноровки.

Есть и другое объяснение, которое опирается на глагол «боткать» — стучать, колотить, бить, толкать. В этом случае прозвище могло закрепиться за людьми шумных профессий: плотником, дровосеком, кузнецом. Но у глагола есть и переносный смысл — так могли назвать вспыльчивого, резкого в движениях или словах человека. Обе версии не противоречат друг другу: прозвище часто рождалось из наблюдения за главным занятием или заметной чертой характера.

Сама модель фамилии — на «-ин» — указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Боткин», то есть сын Ботки. Такая форма в XVI–XVII веках была типична для Северо-Запада Руси, в том числе для псковских и новгородских земель, где и зафиксировано слово «ботка». Фамилия Боткины не единична в своём типе: к этой же группе относятся, например, Толкины (от «толкать») или Стукины (от «стучать»), но Боткины выделяются редкой основой, почти не встречающейся за пределами северо-западных говоров.

Самый известный носитель фамилии — Сергей Петрович Боткин, знаменитый врач-терапевт XIX века. Его отец Пётр Кононович происходил из купеческой семьи, разбогатевшей на чайной торговле. Но, несмотря на громкую медицинскую династию, корни фамилии уходят не в столичные гостиные, а в промысловый быт псковских рыбаков или ремесленников. В фамилии Боткины нет аристократического налёта — она прямая, деловая, и в этом её подлинная ценность как памятника народной культуры.