Фамилия Боткина — женская форма фамилии Боткин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Ботка. В псковских говорах «ботка» — это шест с конусообразным наконечником, которым хлопают по воде, вспугивая рыбу и загоняя её в сети. Скорее всего, первый носитель прозвища был рыбаком, и «Ботка» стало его профессиональным именованием.

Есть и вторая версия. Глагол «боткать» в некоторых диалектах означает «стучать, колотить, бить». Тогда Боткой могли прозвать плотника, дровосека или кузнеца — человека, чья работа связана с ударами и шумом. Не исключён и переносный смысл: так могли назвать вспыльчивого, горячего человека, который «бьёт» словом или кулаком.

Модель образования фамилии проста: к основе Ботк- добавился типичный русский суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство: «чей?» — Боткин, то есть сын или потомок Ботки. Форма Боткина — женский вариант, который закрепился за носительницей фамилии по документам.

Интересно, что фамилия Боткин нередко встречается в купеческой и мещанской среде, особенно известен московский род Боткиных — купцов, чаеторговцев и меценатов XIX века. Но прозвище Ботка, скорее всего, возникло в крестьянской среде северо-западных губерний, где рыбная ловля с боткой была обычным промыслом. Так что в основе фамилии лежит не книжное, а живое, диалектное слово, которое сегодня уже почти вышло из употребления.