Фамилия Боткуновы (в мужском варианте — Боткунов) образована от прозвища Боткун, и её корни уходят в народные говоры и ремёсла. В основе фамилии лежит слово «ботка»: в псковских диалектах так называли шест с коническим наконечником. Этим шестом хлопали по воде, чтобы вспугнуть рыбу и загнать её в сети. Если предок получил прозвище Боткун по этому орудию, он, скорее всего, был рыбаком — «профессиональное» именование прямо указывало на его занятие.

Есть и другая версия, не менее убедительная. Глагол «боткать» в разных славянских говорах означал «стучать, колотить», «бить, толкать». Здесь уже открывается широкий простор: Боткуном могли прозвать плотника, дровосека или кузнеца — любого, кто постоянно работал с ударами и шумом. Но прозвище могло закрепиться и за человеком с крутым нравом: вспыльчивого, горячего, «бьющего» словом или делом тоже называли Боткуном.

Фамилия построена по самой распространённой в русском языке модели: прозвище на -ун (Боткун) плюс притяжательный суффикс -ов, который буквально означает «сын Боткуна» или «из семьи Боткуна». Такая модель была типична для крестьянской и мещанской среды в XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись.

Интересно, что слово «ботка» и производные от него — явление локальное, в основном северо-западное (псковские, новгородские говоры). Это даёт осторожную привязку к региону: не исключено, что первые носители фамилии жили на северо-западе Руси. В то же время глагол «боткать» был распространён шире, поэтому возможны и другие очаги возникновения.

Точное время и место появления фамилии Боткуновы можно установить только через глубокие генеалогические изыскания — по писцовым книгам, ревизским сказкам или метрическим записям. Но уже сейчас ясно, что за фамилией стоит не одно, а как минимум два возможных занятия предка: либо рыбная ловля с незамысловатым, но эффективным шестом, либо шумная работа топором и молотом.