Фамилия Боткунова образована от прозвища Боткун. Его происхождение напрямую связано с диалектным словом «ботка», которое в псковских говорах обозначало шест с конусообразным наконечником. Этим шестом хлопали по воде, чтобы вспугнуть рыбу и загнать её в сети. Скорее всего, первый Боткун был рыбаком — прозвище закрепилось за ним по роду занятий. Вторая версия отталкивается от глагола «боткать» — «стучать, колотить», «бить, толкать». Тогда прозвище могло достаться плотнику, дровосеку или кузнецу. Не исключено, что Боткуном называли вспыльчивого, горячего человека, который «ботал» — то есть шумел и буянил.

Модель образования фамилии простая и типичная для русского Северо-Запада: суффикс -ов присоединился к основе Боткун, а окончание -а указывает на женскую линию рода. В документах фамилия могла записываться по-разному — с ударением на первый или второй слог, что характерно для устной традиции. В отличие от более распространённых «рыбацких» фамилий вроде Рыбаков или Ловцов, Боткуновы сохранили редкую диалектную основу, которая почти не встречается за пределами Псковской области и соседних регионов. Именно эта географическая привязка делает фамилию ценным маркером: если предки носили её, они почти наверняка жили на северо-западе России, где «боткать» было обычным делом.