Фамилия Ботухов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд, её можно принять за типичную русскую фамилию на -ов, образованную от прозвища или имени Ботух. Но если присмотреться к корню, сразу возникает вопрос: что или кто такой «ботух»?

Скорее всего, в основе лежит не славянское, а тюркское слово. В тюркских языках «боту» или «бота» — это «верблюжонок». В казахском, киргизском и татарском языках это слово широко распространено. Прозвище Бота (или Ботук) могли дать человеку за какие-то внешние черты — например, за длинную шею, высокий рост или неуклюжесть, которые напоминали детёныша верблюда. В русской среде такое прозвище переоформили в фамилию с типичным суффиксом -ов, добавив «х» (Ботух → Ботухов) для благозвучия или под влиянием местного говора.

Версия о чисто славянском корне маловероятна. В древнерусском языке слова «ботух» не зафиксировано. Есть диалектное «ботать» — стучать, бить, но образовать от него фамилию Ботухов сложно: форма «Бот» дала бы Ботов, а не Ботухов. Поэтому тюркская версия выглядит убедительнее.

Вторая возможная основа — уменьшительная форма от крестильного имени. В православных святцах есть имя Борис (краткое Ботя) и реже — Варфоломей (в народе Ботолей или Ботюха). От Боти или Ботюхи с помощью суффикса -ов могла возникнуть фамилия Ботухов. Но это лишь гипотеза, подкреплённая аналогиями (например, фамилия Ботюков от Ботюк).

Географически фамилия Ботухов встречается в основном на юге России и в Поволжье — в зоне активных контактов с тюркскими народами. Встречается она и в среде кубанских казаков, что косвенно подтверждает тюркский след.

Таким образом, фамилию Ботухов, скорее всего, носили потомки человека, которого в округе звали Ботухом — «верблюжонком» или, реже, уменьшительным от Бориса. Сословной привязки у неё нет: могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане. Точных сведений о первых носителях нет, но модель образования типична для XVI–XVII веков, когда прозвища активно превращались в наследственные фамилии.