Фамилия Ботухова — женская форма фамилии Ботухов, которая образована от прозвища или нецерковного имени Ботух. В основе лежит глагол «ботать» или однокоренные слова, связанные с действием «бить, колотить, стучать». В русских говорах «ботух» — это тот, кто «ботает», то есть бьёт, например, боталом (шестом с воронкой) для вспугивания рыбы при ловле неводом, или просто стучит. Прозвище могли дать шумному, суетливому человеку или рыбаку.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей сын?» — Ботухов), то есть «сын Ботуха». Это типичная патронимическая фамилия, распространённая в северных и центральных областях России, где рыболовство было основным промыслом. Встречаются варианты написания: Ботахов, Ботухов, Ботухин — все они восходят к одному корню.

Спорных версий немного. Иногда корень «бот-» связывают с диалектным «ботва» (стебли растений), но тогда прозвище звучало бы как Ботвин или Ботвиньев. Для Ботуха надёжнее глагольная основа. В ономастических работах, например у Б. Унбегауна, подобные фамилии на -ух (Крикухин, Болтухов) объясняются как прозвища по действию или качеству.

Географически фамилия редкая, но прослеживается в документах Архангельской и Вологодской губерний — тех местах, где «ботало» и «ботуха» были предметами обихода. Носительницы фамилии Ботухова, скорее всего, потомки крестьян-поморов или рыбаков, а само прозвище закрепилось за предком, который славился силой или громким голосом.