Фамилия Ботузова — женская форма фамилии Ботузов, а та, скорее всего, образована от прозвища или имени Ботус. Разбор здесь нестандартный: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?» — Ботузов), а вот корень «ботус» — штука редкая и неочевидная.

Самая прямая версия: Ботус — это вариант просторечного имени Варфоломей. В народе это арамейское имя, означающее «сын вспаханной земли», переделывали по-всякому: Фома, Бахрамей, Ботус. Если так, то предок носительницы фамилии был внуком или сыном человека по имени Ботус, то есть Варфоломея. Версия правдоподобная, потому что фамилии от канонических имён через народные формы — массовое явление (сравните: Агапов — от Агап, Фомин — от Фома).

Есть и другая, более бытовая гипотеза. В некоторых русских говорах «ботус» или «ботва» — это ботва, зелень, стебли растений. Прозвище Ботус могли дать огороднику, крестьянину, который торговал зеленью, или просто человеку с длинной, тонкой шеей — в шутку сравнивали с ботвой. Слово «ботва» известно повсеместно, а форма «ботус» встречается в диалектах Псковской и Новгородской областей, что даёт географическую привязку: фамилия могла возникнуть именно на северо-западе России.

Спор о том, что первично — имя или прозвище, решается в пользу имени. Прозвище Ботус (от ботвы) слишком редкое и в словарях русских прозвищ почти не фиксируется, а вот форма Варфоломей → Ботус — известный в ономастике переход (см. работы А. Суперанской по народным формам имён). Поэтому вероятнее, что фамилия Ботузов — «патронимическая», то есть от имени, а не от занятия.

Сама фамилия нечастая, в списках массовых русских фамилий не значится. Встречается в основном в центральных и северных областях России, а также среди казачества (зафиксирована в реестрах Войска Донского XIX века). Это говорит о том, что род мог быть крестьянским или казачьим — дворянских родов Ботузовых в «Бархатной книге» нет.