Фамилия Бовченкова — женская форма от Бовченков, а та, в свою очередь, образована от прозвища Бовка. Исходное слово, скорее всего, связано с украинским глаголом «бовкати» — «звонить». Такое прозвище мог получить звонарь: в народе его называли по действию, которое он совершал. Это типичная «профессиональная» модель, когда род занятий превращался в семейное имя.

Есть и другая версия: прозвище Бовча, от болгарского «бовча» — «большой платок» или «фартук». Если принять её, предок Бовченковых мог быть портным или торговцем тканями. Обе гипотезы не противоречат друг другу — они просто указывают на разные возможные корни, украинский и болгарский.

История фамилии не ограничивается прозвищем. Форма Бовченко (без суффикса -ов) типична для украинской ономастики: суффикс -енко означает «маленький» или «потомок». То есть Бовченко — это буквально «сын Бовки». Когда носители такой фамилии оказывались в России, её нередко русифицировали, добавляя -ов, и получалось Бовченков. Таким образом, фамилия прошла путь от прозвища по ремеслу или внешнему признаку до отчества на украинский лад, а затем — до русской патронимической формы.

Фамилия редкая, сконцентрирована в основном в центральных и южных областях России, что косвенно подтверждает миграцию с Украины. В дореволюционных источниках встречается в Курской и Воронежской губерниях.