По одной из версий, в его основе лежит слово «бовкун»: в старину так называли вола, запряженного в одиночку. Возможно, Бовкисом называли человека, который жил один, либо делал самостоятельно самую трудную работу. Однако нельзя исключить, что эта фамилия происходит от топонима Бова: место с таким название находится в итальянской провинции Калабрия. В таком случае фамилия Бовкис содержит указание на место жительства предка.