Фамилия Бовкис звучит необычно для русского уха, и тому есть причина: её происхождение, скорее всего, не славянское, а балтийское или, в более редкой версии, связано с итальянским топонимом. Разберём оба варианта, опираясь на словообразовательную модель.

Основная и наиболее правдоподобная версия отталкивается от литовского или латышского корня. Суффикс -ис (в литовском -is) — типичный для фамилий балтийского происхождения, особенно в Литве и Латгалии. Он указывает на принадлежность или характеристику. В таком случае основа Бовк- может быть связана с литовским глаголом baukti (мычать, реветь) или существительным bovytis (бить, колотить). Однако в русском контексте фамилия могла быть русифицирована из литовской формы, где исходное прозвище звучало как Bovkis.

По одной из бытующих версий, в основе лежит слово «бовкун». В старину в южнорусских говорах так называли вола, запряжённого в одиночку. Человек с прозвищем Бовкун или Бовка, от которого затем образовали фамилию Бовкис, мог получить такое имя за одинокий образ жизни, упрямство или склонность выполнять самую тяжёлую работу в одиночку. Эта версия хорошо объясняет прозвищную природу фамилии, но настораживает несоответствие суффикса: фамилия на -ис для русского прозвища «бовкун» нетипична — скорее мы бы ждали Бовкунов или Бовкиных. Поэтому версия с «волом» правдоподобна лишь в том случае, если фамилия образована в среде, где балтийский суффикс был распространён (например, в пограничных с Литвой областях России или Беларуси).

Вторая версия, более экзотическая, связывает фамилию с топонимом. В итальянской провинции Калабрия есть местечко Бова (Bova). Фамилия Бовкис в таком случае могла указывать на выходца оттуда, но с поправкой: суффикс -ис здесь явно не итальянский, а балтийский. Это значит, что либо предок-итальянец попал в балтийскую среду и получил местное окончание, либо сама фамилия не имеет к итальянскому Бова прямого отношения. География бытования фамилии Бовкис — в основном Литва, Латвия, а также северо-запад России и Беларусь — говорит в пользу балтийского корня.

Что касается социального контекста: фамилии на -ис в Литве и Латгалии в XIX веке носили в основном крестьяне и мещане. Дворянские роды чаще использовали окончание -ич или польские формы. Таким образом, предки Бовкисов были, скорее всего, свободными земледельцами или ремесленниками, получившими прозвище по какой-то заметной черте — внешности, поведению или роду занятий. Точное значение прозвища сегодня восстановить трудно, но балтийская основа с корнем, означающим «мычать» или «бить», указывает на человека с громким голосом или крутым нравом.