Фамилия Бовмуратов происходит от личного имени Бовмурат — диалектной формы более распространённого тюркского имени Баймурат. Разница всего в одной гласной: «а» перешла в «о» под влиянием местного произношения, что часто встречается в южных и среднеазиатских говорах. Само имя составное, и его части несут ясный смысл: «бай» означает «богатый, господин», а «мурат» переводится как «цель, намерение, желание» или, в более широком значении, «желанный». Получается, что имя Баймурат (и его вариант Бовмурат) можно истолковать как «богатое желание» или «господин, достигший цели».

Такая модель образования фамилии — от полной формы имени через суффикс -ов — типична для русской традиции адаптации тюркских имён в XVI–XIX веках. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Бовмуратов буквально значит «сын (или потомок) Бовмурата». Фамилия не получила широкого распространения, что объясняется редкостью исходного имени: вариант «Бовмурат» встречается лишь в отдельных регионах, где смешивались тюркские диалекты и русская письменность.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то гораздо чаще попадаются Баймуратов и Баймуратовы — они фиксируются в Башкортостане, Татарстане и среди казахов. Вариант с «о» мог закрепиться в семьях, переехавших в русскоязычную среду, где имя записали на слух, не сверяясь с литературной нормой. Поэтому среди носителей фамилии Бовмуратов, скорее всего, были предки, носившие имя Бовмурат, — вероятно, скотоводы, торговцы или крестьяне из южноуральских или прикаспийских областей. Точных данных о сословном составе нет, но по аналогии с похожими фамилиями можно предположить, что основная масса носителей относилась к крестьянству или казачеству.