Фамилия Бояльский — яркий пример «географической» модели, когда родовое имя образовано от названия места, где жил основатель рода. В основе лежит топоним Боялы или Боялык, а суффикс -ский указывает на дворянский или шляхетский способ именования: «тот, кто родом из Боялов». Такие фамилии в XVIII–XIX веках часто получали выходцы из духовенства и мелкой шляхты, которые брали фамилию по названию своего прихода или имения.

Корень «боял» неочевиден. Скорее всего, он восходит к тюркскому слову «боялы» (крашеный, цветной) или к названию растения боялык — полынь, распространённая в степях юга России и Украины. В таком случае Бояльский — это человек, живший возле полынных зарослей или в местности, названной по этому растению. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «бояться»: прозвище Бояла могли дать осторожному человеку, но фамилия с суффиксом -ский от такого прозвища нетипична — она чаще встречается от географических названий.

В польском и украинском ономастиконе встречаются фамилии Бояльский, Бояльський, что подтверждает западнорусское или малороссийское происхождение. Судя по распространённости, фамилия редкая, и её носители могли быть связаны с Волынью, Подольем или Харьковщиной — регионами, где топонимы с корнем «боял» встречаются чаще. В дворянских родословных книгах Бояльские не фигурируют как столбовое дворянство, скорее всего, это фамилия духовного сословия: семинаристы брали её при поступлении, «привязывая» себя к селу Боялы.

Написание через «я» и окончание -ский — классическое для фамилий, оформленных по книжному образцу. В отличие от простонародных Боялов или Боялкиных, Бояльский звучит более официально, что тоже намекает на искусственное, «кабинетное» происхождение в среде грамотных людей — священников или учителей.