Фамилия Бойдаченко — редкий случай, когда при разборе не обойтись без двух почти равноправных версий, и обе упираются в пограничную зону между личным именем и прозвищем. Первая и самая прямая: основа «Бойдак» — это, скорее всего, южнорусское или украинское прозвище от глагола «бойдать» (бить, колотить). В диалектах так могли назвать драчуна, задиру или, наоборот, человека с тяжёлой рукой, который работал молотом или кузнечным молотом. Вторая версия выводит «Бойдак» из тюркского «байдак» — «знамя», «стяг», что в запорожской среде могло превратиться в прозвище знаменосца или казака, который нёс хоругвь. Обе гипотезы правдоподобны, но первая ближе к славянской бытовой логике: прозвища от действия встречаются чаще, чем от тюркских заимствований, хотя для украинского юга и Кубани тюркский след тоже реален.

Патронимический суффикс «-енко» — типично украинский, указывает на «малого», потомка или сына: Бойдаченко — буквально «сын Бойдака». Такая модель была самой распространённой в Левобережной Украине и на Слобожанщине в XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись. Географически фамилия Бойдаченко встречается в основном в Черкасской, Полтавской и Кировоградской областях, а также в русском приграничье — в Ростовской области и Краснодарском крае, куда переселенцы принесли её в XIX веке.

Интересная деталь: в переписных книгах XVII века фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, уже в начале XVIII столетия. В отличие от более древних «Бойко» или «Бойченко», «Бойдаченко» сохранила редкую основу, которая не стала массовым именем. Родственными можно считать фамилии Бойдак (без суффикса) и Бойдаков (с русифицированным окончанием), но «Бойдаченко» осталась именно в украинской словообразовательной рамке.

Сословно носители фамилии почти наверняка были из казачества или крестьянства — шляхетских родов с такой фамилией в гербовниках нет. Это не делает её «простой», а наоборот, даёт чёткую привязку к конкретной среде: человек, носивший прозвище Бойдак, скорее всего, выделялся характером или ремеслом в своей общине.