Фамилия Байдаченко восходит к топониму Байдач — село в Пермской области, расположенное на одноименной речке. Согласно другой гипотезе, фамилия Байдаченко образована от прозвища Байдач. Оно ведет свое начало от от нарицательного «байда» - «промысловое судно», «беззаботный, гулящий человек, повеса», «кусок ломкого или хрупкого (хлеба, сахара, дерева)». В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Байдач, со временем получил фамилию Байдаченко.