Фамилия Байдачный звучит так, словно её носитель имеет прямое отношение к лодке-байде, и это первая и самая очевидная версия. Байда — плоскодонное речное судно, распространённое на юге России, особенно у запорожских казаков. Название происходит от тюркского «байда» — большая лодка. Соответственно, Байдачным могли прозвать того, кто строил байды, ходил на них или жил неподалёку от пристани. Такая модель образования фамилий от названий речных судов встречается нечасто: сравните с фамилиями Струговой, Плотицын (от плота), но Байдачный стоит особняком.

Однако есть и вторая, более глубокая версия, связанная с личным именем Байда. В украинской и польской традиции Байда — это уменьшительная форма от имени Байдук или даже прозвище для одинокого, вольного человека, почти бродяги. В этом случае суффикс -ный указывает на принадлежность: Байдачный — сын или потомок Байды. Такое объяснение подкрепляется тем, что в старых реестрах Запорожской Сечи встречаются казаки с прозвищем Байда, а сам корень «байд-» в украинском языке имеет значение «безделье, праздность» (байдикувати). Так что предок мог быть не лодочником, а просто человеком с характерным прозвищем.

Словообразовательная модель здесь простая: основа «байда» плюс суффикс -чн- (в произношении часто -шн-), который в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин. Такие фамилии на -чный обычно указывают на признак или занятие: Кузнечный, Печной, Ткацкий. Но в случае с Байдачным суффикс может играть роль притяжательного, как в фамилиях на -ский. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям — там, где помнят и байды, и казачьи прозвища.

В словарях русских фамилий Байдачный упоминается редко, но у Б. Унбегауна можно найти параллели: фамилии от названий лодок (например, Стругов) он относит к «профессиональным» прозвищам. Спор между двумя версиями разрешается в пользу первой — лодочной, потому что она конкретнее и легче объясняет суффикс. Но если фамилия встречается в украинском контексте, второе значение (от личного имени) не менее правдоподобно. В любом случае, Байдачный — фамилия не из числа массовых, и её носители могут проследить свою историю либо к ремеслу речников, либо к казачьей вольнице.