Фамилия Байдачний звучит необычно для русского уха и сразу выдает украинское происхождение. Ее выдает суффикс -ний, который в украинской ономастике часто заменяет русское -ский. Если бы фамилия была русифицирована, она звучала бы как Байдачский или Байдацкий. В основе лежит прозвище или имя Байдак.

Слово «байдак» в украинском языке многозначно. Чаще всего так называли большое речное судно, разновидность плоскодонной лодки, распространенную на Днепре. Следовательно, первый и самый очевидный вариант: фамилию мог получить лодочник, перевозчик или судостроитель. Однако у слова есть и другое, переносное значение — «гуляка», «бездельник», «повеса». В некоторых говорах «байдаком» называли одинокого, бессемейного человека. Поэтому носитель фамилии мог получить прозвище и по черте характера или образу жизни.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «байдак» (знамя, флаг). В таком случае прозвище могло относиться к знаменосцу или воину, но для украинской среды это значение уже вторично.

Фамилия Байдачний — это так называемая «патронимическая» форма, только не от имени, а от прозвища. Суффикс -ний означает принадлежность: «сын Байдака» или «человек из рода Байдаков». Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, откуда родом многие казацкие роды. Встречается она нечасто, что делает ее хорошим маркером конкретной родовой линии, не размытой массовыми переселениями.